Google Android - это несложно

Здравствуйте, помогите разобраться пожалуйста.
При ручном копировании приложений (папок с apk и lib), и выставлении chmod, chroot прав и перезагрузке, новые приложения появляются и работают, но после обновления, при ручном удалении из data и интеграции в системные + выставлении chmod, chroot прав и перезагрузке, ярлыки исчезают и пишет что некоторые приложения не установлены.
Удаление этих приложений из этих папок и перезагрузка не помогает:
/data/app
/data/data
/data/dalvik-cache

Вопрос1: Где ещё прописывается установка приложений, может в каких-нибудь текстовых файлах, почему система перестаёт видеть приложения в папках?
Вопрос2: Поясните пожалуйста, что это за новая система установки приложений с распаковкой в папки и дублировании в них библиотек.
Вопрос3: Я правильно понял, что ненужные библиотеки можно удалять из apk, но если, например нет под x86, то могут эмулироваться как-то arm?
Вопрос4: Почему системные приложения arm хуже эмулируются, чем не системные под архитектурой x86?
Вопрос5: Подскажите как выставить разные права рекурсивно для папок и рекурсивно для файлов(на линуксе есть похожая команда, но под андройд не работает, пока выставляю рекурсивно на всё так: chmod -R 755*)?

С андройдом знаком давно, но увы не смог найти этой инфы, вы наверно знайте эти тонкости системы.
Зарание благодарю! Ссылки на характерную инфу, и про углублённое устройство андройд тоже приветствуются!

При подключении устройства через USB-кабель при включенном режиме отладки установка приложения производится командой
adb install -r app.apk
В примере ApiDemos имеется InstallApk.java - установка приложения из assets